W związku jednak z parafiletyzmem królestwa protistów oraz nowymi badaniami filogenetycznymi opartymi na genach aktynowych oraz SSU rDNA, Rhizaria szybko awansowały do nowo utworzonej rangi supergrupy. W wyniku wzrostu zainteresowania taksonem, w roku 2006 jego monofiletyzmW obrębie tego artykułu monofiletyzm należy rozumieć sensu Hennig, czyli jako równoważny z holofiletyzmem sensu Ashlock. nie ulegał już wątpliwościom, jednakże pokrewieństwa w jego obrębie wciąż pozostawały nierozstrzygnięte. Największe wątpliwości dotyczyły monofiletyzmu grup Endomyxa oraz Polycystinea, jak również przynależności taksonów Gromiida i Haplosporida, a także wzajemnego pokrewieństwa Radiozoa i Foraminifera (wspólnie określanych jako Retaria). Jedną z propozycji systematycznych w 2008 r.