30 czerwca 2000, głosami 23 do 21, został wybrany przez parlament nowym szefem rządu po tym, jak Ulufa'ula został pojmany przez rebeliantów i zmuszony do rezygnacji z urzędu. Urzędował jako premier do 17 grudnia 2001. Jego partia poniosła porażkę w wyborach 5 grudnia 2001, zdobywając w parlamencie tylko 3 mandaty. Sogavare uzyskał jednak reelekcję. W parlamencie był członkiem Komisji Prawa i Legislacji oraz stał na czele Socjalnej Partii Wysp Salomona.
W wyborach parlamentarnych z 5 kwietnia 2006 jego partia zdobyła 2 miejsca w Zgromadzeniu Narodowym. W głosowaniu nad kandydaturą premiera 18 kwietnia 2006 Sogavare zajął trzecie miejsce, uzyskując 11 głosów poparcia (z 50). Poparł więc kandydaturę Snydera Riniego, zyskując w zamian ofertę koalicji. 26 kwietnia 2006 Rini zrezygnował z urzędu. Formując szeroką koalicję, Sogavare wygrał ponowne głosowanie i 4 maja 2006 został zaprzysiężony na szefa rządu. 11 października 2006 jego rząd przetrwał zgłoszone przez parlament wotum nieufności. Wystosowane ono zostało z powodu pogorszenia przez premiera stosunków z Australią, której Sogavare groził wydaleniem z międzynarodowej misji na Wyspach Salomona. Ponadto odmówił ekstradycji generała podejrzanego o molestowanie seksualne nieletnich w Australii.