2 października 1911 wstąpił do bazyliańskiego nowicjatu w Krechowie i przyjął tam zakonne imię Jozafat, na pamiątkę Jozafata Kuncewicza. W 1917 został mianowany greckokatolickim biskupem przemyskim. W 1918 był członkiem Ukraińskiej Rady Narodowej. mały|left|Biskup Kocyłowski przemawiający do ukraińskich ochotników 14 Dywizji Grenadierów SS w Przemyślu w 1943 r. W czasie nabożeństwa biskup upominał ich słowami: „Idźcie do boju i wróćcie jako zwycięzcy”.
mały|Relikwie błogosławionego Jozafata Kocyłowskiego Wydarzeniem z okresu okupacji niemieckiej, budzącym najwięcej kontrowersji w życiorysie biskupa, było odprawione przez niego 4 lipca 1943 r. w Przemyślu nabożeństwo dla ukraińskich ochotników do 14 Dywizji Grenadierów SS, co stało się później punktem wyjścia do oskarżeń biskupa o współpracę z III RzesząAdam Szczupak: Jozafat Kocyłowski – greckokatolicki biskup przemyski wobec dwóch totalitaryzmów 1939–1947..