7 października 2003 został wybrany przez Zgromadzenie Narodowe na urząd prezydenta Mauritiusa. Przewodnictwo w partii przekazał synowi, Pravindowi Jugnauthowi. 19 września 2008 został jednogłośnie wybrany przez parlament na drugą 5-letnią kadencję.
30 marca 2012 ogłosił swoją rezygnację ze stanowiska prezydenta, obowiązującą z dniem kolejnym. Powodem złożenia urzędu był brak akceptacji dla polityki rządu Navina Ramgoolama. Zapowiedział przejście do opozycji i powrót do szeregów MSM. Partia ta w sierpniu 2011 opuściła szeregi koalicji z powodu postawienia zarzutów korupcyjnych jej członkowi, ministrowi zdrowia. 31 marca 2012 obowiązki prezydenta przejęła wiceprezydent Monique Ohsan-Bellepeau.
W wyborach parlamentarnych 10 grudnia 2014 koalicja pod jego przewodnictwem zdobyła 51 z 69 mandatów, a 17 grudnia 2014 Jugnauth objął po raz trzeci stanowisko premiera. 21 stycznia 2017 ogłosił swoją rezygnację ze stanowiska szefa rządu na rzecz syna i ministra finansów w jego gabinecie, Pravinda Jugnautha, który objął urząd 23 stycznia 2017.
Przypisy