18 grudnia 2001 objął stanowisko prezydenta Osetii Południowej.
Kokojty jest przeciwnikiem reunifikacji Osetii Południowej z Gruzją, domagając się pełnego uniezależnienia kraju od Gruzji i integracji z Federacją Rosyjską. Wielokrotnie oskarżał władze gruzińskie o próby przejęcia kontroli nad Osetią Południową. 14 czerwca 2006 podpisał deklarację współpracy z prezydentami dwóch innych nieuznawanych separatystycznych republik: Abchazji – Siergiejem Bagapszem i Naddniestrza – Igorem Smirnowem. W kolejnych miesiącach oferował władzom Abchazji pomoc militarną w razie interwencji gruzińskiej.
thumb|240px|Eduard Kokojty (od prawej) z prezydentem Dmitrijem Miedwiediewem i prezydentem Siergiejem Bagapszem, Moskwa, wrzesień 2008 W wyborach prezydenckich 12 listopada 2006 został ponownie wybrany na stanowisko szefa nieuznawanego państwa, zdobywając 98% głosów, Today's Zaman, 13 sierpnia 2008..
Dowodził oddziałami południowoosetyjskimi po wybuchu II wojny w Osetii Południowej w sierpniu 2008. Mając poparcie parlamentu i społeczeństwa, zwrócił się do prezydenta Rosji Dmitrija Miedwiediewa o uznanie niepodległości Abchazji.