W 1989, na czele ochotniczego oddziału abchaskiego, brał udział w walkach o Oczamczirę z atakującymi miasto formacjami gruzińskimi – został wówczas ciężko ranny. W czasie wojny gruzińsko-abchaskiej w latach 1992–1993, jako dowódca ochotniczej jednostki, uczestniczył w ofensywie na Suchumi, znajdujące się w rękach gruzińskich. W 1995 objął stanowisko wiceprezydenta „de facto” niezależnej Republiki Abchazji.
Premier 29 kwietnia 1997 objął stanowisko premiera Abchazji. W czasie rządów Bagapsza doszło do groźnego odnowienia konfliktu z Gruzją. Apogeum konfliktu nastąpiło w maju 1998, gdy wojska gruzińskie rozstawione przy granicy z Abchazją, zaatakowały Abchazję próbując opanować położony na południu Abchazji rejon Gali. Konflikt zbrojny, potocznie nazwany „wojna sześciodniową”, wygrany przez Abchazów, doprowadził do opuszczenia Abchazji przez 30 tys. Gruzinów i zniszczenia wielu ich domostw w republice.
Urząd premiera pełnił do 20 grudnia 1999. Zrezygnował wówczas ze stanowiska i rozpoczął działalność gospodarczą.