Bagapsz odrzucił decyzję prezydenta i zapowiedział na 6 grudnia 2004 inaugurację swojej prezydentury.
21 listopada Chadżimba odrzucił ofertę Bagapsza objęcia stanowiska premiera lub wiceprezydenta w zamian za uznanie porażki w wyborach. 23 listopada zwycięstwo Bagapsza uznała Rada Starszych, a trzy dni później parlament. Do porozumienia między Chadżimbą a Bagapszem doszło dopiero 5 grudnia 2004. Bagapsz zgodził się wówczas na ponownie wybory w styczniu 2005, w których miał wystartować wspólnie z Chadżimbą jako kandydatem na stanowisko wiceprezydenta. W powtórnych wyborach prezydenckich z 12 stycznia 2005 duet Bagapsz-Chadżimba uzyskał 91,54% głosów poparcia. 12 lutego 2005 Bagapsz został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta.
thumb|Siergiej Bagapsz (od lewej) z prezydentem Dmitrijem Miedwiediewem i prezydentem Eduardem Kokojty, Moskwa, wrzesień 2008. W sierpniu 2008 w czasie wojny w Południowej Osetii prezydent Bagapsz był głównodowodzącym armii abchaskiej. Mając poparcie parlamentu i społeczeństwa, zwrócił się do prezydenta Rosji Dmitrija Miedwiediewa o uznanie niepodległości Abchazji. Rosja uznała niepodległość Abchazji 26 sierpnia 2008.