Następne powiększenie systemu metra w Baku miało miejsce w 2002, kiedy to rozpoczęto eksploatację stacji Həzi Aslanov wybudowanej przy wsparciu finansowym Unii Europejskiej. W 2008 ponownie rozbudowano przesiadkową stację linii 2, a do 2011 otwierano kolejne stacje tej linii. System miał wówczas długość 34,6 km.
19 kwietnia 2016 uruchomiona została fioletowa linia 3 bakijskiego metra. Jej uroczystego otwarcia dokonał prezydent kraju İlham Əliyev. Po tej rozbudowie system osiągnął długość ponad 35 km.
W lutym 2018 podpisana została umowę z rosyjskim przedsiębiorstwem Mietrowagonmasz na dostawę 2 sztuk 5-członowych pociągów.
31 marca 2020 ze względu na pandemię COVID-19 metro zostało tymczasowo zamknięte. Ponowne zamknięcie nastąpiło od 19 października 2020 do 31 maja 2021.