Począwszy od drugiej połowy lat dziewięćdziesiątych autor brał czynny udział w dyskusji na temat wychowania seksualnego w szkole, a od 1997 był przez kilkanaście lat rzeczoznawcą Ministerstwa Edukacji Narodowej podręczników w zakresie wychowania do życia w rodzinie. Józef Augustyn jest także zaangażowany w formacje seminaryjną i kapłańskąWacław Królikowski SJ (red.), Miłość jest jedna. Księga pamiątkowa z okazji czterdziestolecia pracy naukowej i rekolekcyjnej Józefa Augustyna SJ, Wydawnictwo Naukowe Akademii Ignatianum w Krakowie, Kraków 2018..
Opublikował ponad sześćdziesiąt własnych książek, kilkanaście książek „pod redakcją” oraz około trzystu artykułów z zakresu pedagogiki chrześcijańskiej, duchowości oraz katechetyki. Najważniejsze tematy podejmowane w jego pracach to: Ćwiczenia duchowe św. Ignacego Loyoli, wprowadzenie do życia duchowego, sakrament pojednania i Eucharystii, rozeznanie duchowe, wychowanie do życia w rodzinie, problematyka młodzieży, formacja seminaryjna i kapłańska, wychowanie do celibatu. Jego książki tłumaczone są na język czeski, rosyjski, słowacki, ukraiński. Józef Augustyn opublikował także, w wersji audio, kilkadziesiąt sesji rekolekcyjnych i dłuższych rekolekcji. Większość publikacji audio ukazała się w Wydawnictwie WAM, w Studio Inigo.