Wydarzenie to sprowokowało Bena do dalszej pracy, w 1995 ukazuje się Fight for Your Mind, które zostaje pozytywnie przyjęte przez radio w college’u Bena, tworząc jednocześnie obfitość piosenek, które utrzymują się na szczytach list przebojów do dzisiejszego dnia.
W 1999 Harper spotyka w Santa Barbara Bowl Jacka Johnsona, który był wówczas nieznany. Harper otrzymuje kasetę demo zawierającą 12 piosenek Johnsona, które poprzednio nadesłał do swojego producenta, J.P. Pluniera, z którym Johnson nagrał swój pierwszy album.
Życie prywatne W 1996 ożenił się z Joanną. Mają dwoje dzieci, syna Charlesa (ur. 1997) i córkę Harris (ur. 2000). Harper i Joanna rozstali się w 2000 i rozwiedli się w 2001.
We wrześniu 2000 zaręczył się z aktorką Laurą Dern. Pięć lat później, 23 grudnia 2005 w ich domu w Los Angeles, pobrali się. Mają dwoje dzieci: syna Ellery Walkera (ur. 21 sierpnia 2001) i córkę Jayę (ur. 28 listopada 2004). We wrześniu 2013 doszło do rozwodu.
1 stycznia 2015 poślubił swoją trzecią żonę, rzeczniczkę społeczną Jaclyn Matfus.