Kolumny rektyfikacyjne działają zawsze w układzie przeciwprądowym. Z góry do dołu spływa, pod wpływem grawitacji, skroplona ciecz, zaś od dołu do góry podążają opary destylowanej mieszaniny, wskutek czego znajdują się one w stałym kontakcie z cieczą. Wewnątrz kolumny występują elementy konstrukcyjne, które dodatkowo zwiększają powierzchnię kontaktu cieczy z oparami. W najprostszym przypadku są to półki z wąskimi otworami. W teorii rektyfikacji przyjmuje się, że na jednym elemencie (półce) następuje pojedynczy akt destylacji, czyli odparowanie i ponowne skroplenie cieczy. W praktyce laboratoryjnej kolumny półkowe są stosowane rzadko. Zamiast półek używa się kształtek o skomplikowanych kształtach, którymi wypełnia się kolumny, lub też stosuje się wypustki wychodzące ze ściany kolumny do jej wnętrza.
Efektywność kolumn podaje się w jednostkach zwanych półkami teoretycznymi, które odpowiadają pojedynczym aktom odparowania i skroplenia w izotermicznych warunkach równowagowych. Jeśli kolumna ma na przykład 100 półek teoretycznych, oznacza to, że w jej wnętrzu następuje rozdział równy 100 aktom zwykłej destylacji równowagowej.