zapobiegła jednak temu gruntowna restauracja obiektu z lat 1859-1862.
W trakcie II wojny światowej kościół pełnił funkcję magazynu muzealiów. W latach 1954–1956 dokonano rekonstrukcji wnętrza pod kierownictwem Wacława Taranczewskiego. Zaprojektował on witraże i wzorowaną na gotyckiej nastawę ołtarzową w formie ołtarza szafiastego (poliptyku). Następnie w 1976 przeprowadzono remont elewacji z częściową wymianą i uzupełnieniem lica, kształtek w lizenach i w sterczynach szczytu.
W 1988 świątynia została zamknięta, prowadzono w niej prace budowlane przy wzmacnianiu filarów mające na celu poprawę statyki budowli. Wokół kościoła prowadzono także badania archeologiczne kierowane przez Hannę Kóčkę-Krenz. W latach 2017–2021 przy współpracy archidiecezji poznańskiej, miasta Poznania i Muzeum Archeologicznego dokonano gruntownej renowacji i konserwacji kościoła. Wykonano też ekspozycję palatium Mieszka I wraz z kaplicą Dobrawy. Świątynia została przywrócona do pełnienia funkcji sakralnych 14 kwietnia 2021 w narodowe Święto Chrztu Polski. Tego dnia abp Stanisław Gądecki, metropolita poznański, poświęcił ołtarz w kościele.