Szczególnie od lat 90. artysta podejmuje częściej tematykę zepsucia współczesnej kultury, konsumpcjonizmu, swobody obyczajów w społeczeństwie czy krytyki postmodernizmu, a on sam oraz krytycy określają go mianem „awangardowego konserwatysty”. Przykłady performance'ów z tego okresu to np. „Róg pamięci” z 1997 roku czy „Wariant nadrzędny” z 2004 roku, oba o tematyce religijnej.
W 1997 roku Warpechowski otrzymał Nagrodę Ministra Kultury i Sztuki za 30-letnią działalność w dziedzinie performance, w latach późniejszych odbywało się kilka wystaw podsumowujących wieloletnią twórczość artysty, w tym wystawa „Zbigniew Warpechowski. To” w warszawskiej Galerii Zachęta w 2014 roku oraz „Uroczysty performance” z okazji pięćdziesięciolecia działalności w dziedzinie performance. 26 maja 2009 z rąk sekretarza stanu w MKiDN Piotra Żuchowskiego odebrał Złoty Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.