Sikorskiemu i jego kręgom, przez którego został odsunięty od służby państwowej.

W wiosnę 1941 udał się do Stanów Zjednoczonych. W USA zaliczał się do współtwórców i głównych działaczy utworzonego rok później Komitetu Narodowego Amerykanów Polskiego Pochodzenia (KNAPP).

Był jednym z głównych krytyków tzw. układu Sikorski-Majski. Objął funkcję wiceprezesa Zarządu Instytutu Józefa Piłsudskiego w AmeryceJózef Piłsudski Institute of America., powołanego 4 lipca 1943 w Nowym Jorku celem prowadzenia badań z zakresu najnowszej historii Polski. Floyar-Rajchman należał do współtwórców tego Instytutu, zajmował się jego budżetem. Arkadiusz Adamczyk podał, że Floyar-Rajchman był jednym z pomysłodawców utworzenia w USA Rady Ambasadorów, posiadającej uprawnienia doradcze wobec polityki rządu RP. Koncepcja Rady Ambasadorów nie doczekała się jednak realizacji. Stan zdrowia Floyar-Rajchmana stopniowo się pogarszał.

Floyar-Rajchman zmarł 22 marca 1951 w Nowym Jorku.

18 listopada 2016 szczątki mjr. Henryka Floyar-Rajchmana i płk.