Szlaki biologiczne Większość ziemskiego metanu jest biogeniczna, produkowana w procesie metanogenezy, w formie beztlenowego oddychania występującego tylko u niektórych przedstawicieli domeny Archeonów. Metanogeny zamieszkują wysypiska śmieci, niektóre gleby, przeżuwacze (np. bydło), jelita termitów oraz beztlenowe osady pod dnem mórz i jezior. Duże ilości metanu generują pola ryżowe podczas wzrostu roślin. Ten wieloetapowy proces wykorzystywany jest przez organizmy do wytwarzania energii. Reakcję można zapisać w postaci poniższego równania:
Ostatni etap tego procesu jest katalizowany przez (MCR).
Przeżuwacze thumb|Badanie australijskich owiec na ilość wydychanego metanu (2001), CSIRO Przeżuwacze, takie jak bydło, wydzielają metan, w USA odpowiadają za ok. 22% całkowitej rocznej emisji metanu do atmosfery. Jedno z badań donosiło, że sektor hodowlany generalnie (głównie bydło, kurczaki i świnie) produkuje 37% wytwarzanego przez człowieka metanu. Kolejne badanie z 2013 roku szacowało, że hodowla odpowiada za 44% wytwarzanego przez człowieka metanu i ok. 15% wytworzonych przez człowieka gazów cieplarnianych. Podejmowanych jest wiele starań, aby ograniczyć emisję metanu w hodowli zwierząt.