Wrócił do Izby Reprezentantów dzięki wyborom uzupełniającym w 1922. Sześć lat później wybrano go liderem ALP. W 1929 partia pod jego wodzą zwyciężyła w przedterminowych wyborach, a on sam został pierwszym w historii Australii premierem wyznania katolickiego. Jego rządy przypadły na czas Wielkiego Kryzysu, z którym, według większości historyków, nie poradził sobie. Nieudolne decyzje w polityce ekonomicznej oraz wewnątrzpartyjne rozgrywki i waśnie doprowadziły laburzystów do upokarzającej porażki w wyborach w 1931, po których liczba kontrolowanych przez nich mandatów w 75-osobowej Izbie spadła z 47 do 14. Za sukces można Scullinowi poczytywać doprowadzenie do nominacji Isaaca Isaacsa – pierwszego Australijczyka, któremu monarcha brytyjski powierzył funkcję gubernatora generalnego własnego kraju.
Po nieudanej próbie odzyskania władzy w 1934, Scullin zrezygnował z przewodzenia partii, jednak zachował mandat parlamentarny i był cenionym doradcą następnych lewicowych premierów, Johna Curtina i Bena Chifleya. Wycofał się z czynnego życia politycznego w 1949, w