Ze względu na przewagę instrumentów akustycznych, Jar of Flies uchodzi za kontynuację brzmienia zapoczątkowanego na epce Sap (1992). Płyta pokazuje zespół od innej strony i prezentuje szeroki zakres możliwości, oferując szereg utworów o akustycznej teksturze, zawierającej elementy AOR, bluesa, blues-rocka, folk rocka, jangle popu, rocka alternatywnego i rocka klasycznego. W stosunku do poprzednich wydawnictw, większy wkład w komponowanie, poza Staleyem i Cantrellem, mieli też Inez i Kinney. Cechą charakteryzującą Jar of Flies jest duża różnorodność materiału; począwszy od melancholijnego „Nutshell”, przez utrzymany niemal w popowym brzmieniu singlowy „No Excuses”, będący połączeniem gitary akustycznej z przesterowaną gitarą elektryczną, cięższym basem i smyczkami „I Stay Away”, instrumentalny AOR „Whale & Wasp”, nawiązujący do twórczości R.E.M. balladowo bluesowy „Don’t Follow” z harmonijką, po zainspirowany jazzem „Swing on This”. Delikatniejsza i powściągliwsza gra na gitarze Cantrella w większym stopniu przypomina harmonie zespołu R.E.M., a odejście od tradycyjnych metalowych konwencji miało wpływ na technikę wokalną Staleya, która stała się znacznie bliższa tradycji „białego” blues-rocka.
thumb|left|Magazyn „Guitarist” opisał duety wokalne Cantrella i Staleya jako „beatyfikowane, pokręcone harmonie, jakich świat nie widział od czasu najlepszego produktu muzyki pop, Rubber Soul [1965, The Beatles]”