Po powrocie z Francji przeznaczyła połowę swego majątku na uwłaszczenie chłopów, spodziewając się ich tym pozyskać dla zbliżającego się powstania. Miała nadzieję dać również przykład innym ziemianom, co się jej nie udało. Po wybuchu powstania Janina Czetwertyńska objeżdżała dwory, rozwożąc manifesty Rządu Narodowego. Obciążona zarzutami spiskowania na dworze francuskim, bałamucenia chłopów i popierania powstania, została uwięziona w Kijowie. Po uwolnieniu, poślubiła w 1863 roku Adolfa Jełowickiego, właściciela Aresztowa, Toropowa i Frenopola, w posagu wnosząc Antopol. Zamieszkała w Aresztowie, gdzie stworzyła ognisko życia towarzyskiego.
Przyczyną tragicznego końca jej życia stała się fatalna pomyłka, wynikająca podobno ze świadomej i upartej niechęci do uczenia się języka rosyjskiego. Złe odczytanie wskazówek lekarskich, w urzędowym wówczas języku rosyjskim, spowodowało, że podała swemu choremu dziecku sublimatWedług innych lekarstwo „do zewnątrz” podała „do wewnątrz”. Wstrząs wywołany śmiercią dziecka stał się przyczyną melancholii, a następnie zgonu Jełowickiej na jesieni 1865 r. w KijowieWedług ks. Gustawa Jełowickiego zmarła tragicznie (samobójczo?) w Aresztowie. Według listów Elizy z Branickich Krasińskiej zmarła na galopujące suchoty w marcu 1866 r.