Jonathan Akpoborie (ur. 20 października 1968 w Lagos) – nigeryjski piłkarz grający na pozycji napastnika. Posiada także obywatelstwo niemieckie.
Kariera klubowa Akpoborie pochodzi z dawnej stolicy Nigerii, Lagos. Swoją piłkarską karierę zaczynał w klubie Julius Berger FC, w barwach którego zadebiutował w 1987 w pierwszej lidze. Latem tamtego roku wyjechał do Stanów Zjednoczonych i rozpoczął studia na Brooklyn College w Nowym Jorku. W międzyczasie grał w uniwersyteckiej drużynie piłkarskiej. Po 4 latach studiów Akpoborie otrzymał tytuł magistra administracji biznesowej i wyjechał do Europy kontynuować piłkarską karierę.
Pierwszym przystankiem Jonathana był drugoligowy niemiecki klub 1. FC Saarbrücken. W barwach tego zespołu zadebiutował 27 lutego 1990 roku w przegranym 1:3 meczu z FC Schalke 04 i zdobył honorowego gola dla swojego zespołu. Ogółem w całym sezonie zdobył ich 5. W Saarbrücken spędził także sezon 1991/1992, w którym 4-krotnie zdobywał gola. Latem 1992 zmienił klub i został piłkarzem Carl Zeiss Jena. W drużynie z Jeny wykazał się wysoką skutecznością i zdobył 17 goli w sezonie, jednak nie pomogło to zespołowi w awansie o klasę wyżej. W drużynie Carl-Zeiss Akpoborie grał także w sezonie 1993/1994, ale nie był już tak skuteczny jak rok wcześniej i uzyskał 9 goli.