Po wysunięciu oskarżenia przez Międzynarodowy Trybunał Karny dla Rwandy Elizaphan Ntakirutimana został zatrzymany w Teksasie we wrześniu 1996. Początkowo zwolniony, ostatecznie ponownie został aresztowany w lutym 1998, a następnie w marcu 2000 przekazany do dyspozycji Trybunału w Arushy (Tanzania). Sprawę pastora połączono z procesem jego syna Gérarda, pozostającego w areszcie w Arushy od listopada 1996. Proces rozpoczął się we wrześniu 2001. Ntakirutimana nie przyznał się do zarzucanych mu czynów, a jego obrońca, były amerykański prokurator generalny Ramsey Clark, określał go mianem pacyfisty, niezdolnego do wyrządzenia krzywdy. Trybunał nie przychylił się do tej opinii ani oświadczenia oskarżonego i w lutym 2003 uznał winnym współudziału i pomocnictwa w pięciu aktach ludobójstwa w Mugonero i siedmiu w Bisesero, skazując go na 10 lat więzienia. Gérard Ntakirutimana został uznany za winnego ludobójstwa oraz zbrodni przeciw ludzkości i otrzymał wyrok 25 lat więzienia. Wyroki zostały podtrzymane w postępowaniu apelacyjnym.