W latach 1769 i 1770 odwiedzał wybrzeże Francji i roboty portowe.
Dwa lata później koncepcja eksploracji mórz południowych wróciła pod obrady admiralicji i wtedy przypomniano sobie o propozycji Kerguelena. Powierzono mu dowództwo jednostki "Berryer" mającej oficjalnie zawieźć zaopatrzenie na wyspę Mauritius (wówczas Île de France). Tajną misją kapitana miało być poszukiwanie Lądu Południowego.
Pierwsza wyprawa 1 maja 1771 ekspedycja opuściła Francję i po 3 miesiącach i 3 tygodniach bez większych przeszkód osiągnęła Port Louis, stolicę Mauritiusa. Roche du Dresnay, gubernator wyspy, z pochodzenia Bretończyk, okazał przychylność pomysłom swego krajana i przydzielił dwie szybsze i lżejsze jednostki, fleutę "Fortune" i korwetę "Gros Ventre", lepiej nadające się do wyprawy badawczej niż dotychczasowy statek ambitnego kapitana. Kerguelen odbył jeszcze pomniejszą misję zwiadowczą, badając drogę z Mauritiusa na Wybrzeże Koromandelskie, wrócił do Port Louis 7 grudnia, a 15 stycznia 1772 wyruszył ponownie w morze, tym razem już wypełnić swe najważniejsze zadanie.