Po uzyskaniu nominacji Yar’Adua wybrał Goodlucka Jonathana, gubernatora stanu Bayelsa, jako kandydata na urząd wiceprezydenta. Na początku stycznia 2007, w jednym z pierwszym wywiadów, zadeklarował podjęcie zdecydowanej walki z korupcją i skupienie polityki zagranicznej na sprawach afrykańskich.
Jednym z tematów w czasie kampanii wyborczej był stan zdrowia Yar’Adui. Cierpiał on bowiem na dolegliwości zdrowotne związane z nerkami. Jego dwaj główni rywali, Atiku Abubakar, kandydat partii Action Congress (AC) i były członek PDP oraz były wiceprezydent Nigerii wyrzucony z partii i oskarżony o korupcję, a także Muhammadu Buhari, kandydat Partii Ogólnoludowej Nigerii (All Nigeria People’s Party, ANPP) i rywal Ọbasanjọ w wyborach w 2003, kwestionowali zdolność pełnienia przez niego funkcji głowy państwa. Yar’Adua odrzucał oskarżenia, tłumacząc, że choć chorował w 2000, został już wyleczony. Wyraził zadowolenie ze stanu swojego zdrowia. 6 marca 2007 z powodów zdrowotnych musiał udać się jednak na badania medyczne do Niemiec, co wywołało dalsze spekulacje na temat jego rzeczywistego stanu zdrowia. Yar’Adua określił swoje dolegliwości jako „mało poważne”, oświadczając, że jest „tylko człowiekiem i jak każdy może podupaść na zdrowiu”.