W 2000 roku rozpoczęto budowę nowej siedziby PAP przy ul. Mysiej róg Brackiej, w miejscu w którym znajdował się Główny Urząd Kontroli Prasy, Publikacji i Widowisk. Wzniesiono tam Liberty Corner. Agencja zajmuje od połowy 2004 roku jego część od strony ul. Brackiej.
W ciągu ostatnich kilku lat agencja została dokapitalizowana w następstwie jednorazowej pomocy publicznej i dzięki temu została w zasadniczy sposób zmodernizowana.
W 2005 roku do PAP została przyłączona Drukarnia Naukowo-Techniczna (DNT) przy ul. Mińskiej w Warszawie, jedna z największych drukarń dziełowych w kraju – stając się oddziałem PAP. Na początku 2012 roku zarząd Agencji – przy akceptacji rady nadzorczej – zadecydował o likwidacji DNT.
Podstawą prawną dla działania PAP jest ustawa z 31 lipca 1997 roku Zgodnie z nią agencję przekształcono w jednoosobową spółkę skarbu państwa.
15 stycznia 2009 roku dotychczasowy prezes Piotr Skwieciński i członek zarządu Maciej Świrski złożyli dymisje z zajmowanych stanowisk.