Dzięki pismu, w którym komendant pod karą śmierci zabrania swoim żołnierzom podpalania kościołów, świątynie olsztyńskie zachowały się od zniszczenia (liczne pożary strawiły w ciągu paru tygodni 1040 budynków mieszkalnych, spośród 2640 istniejących w mieście). Spłonęła również plebania parafii Najświętszego Serca Jezusowego.

Jako pierwsi osiedleńcy do Olsztyna przybyli kolejarze z Białegostoku. Kolejnymi transportami kolejowymi przyjechali osiedleńcy z Wołynia, Warszawy oraz z Wileńszczyzny. Do Olsztyna powrócił także ks. Alfons Wardecki. W 1947 r. proboszczowi udało się wyremontować dach i wieżę kościelną. Pod koniec 1948 r. wyremontowane zostały organy. Jednakże dopiero w 1964 udało się uzupełnić brakujące głosy. Plebanię odbudowano w 1949 r.

Życie parafii Po wielu latach starań 4 lutego 1980 r. wojewoda olsztyński wydał zezwolenie na rozbudowę plebanii. Dzięki projektantom powstał dom katechetyczny z większa liczbą sal. W 1984 zakupiono 220 szkolnych ławek i 600 krzeseł, a w 1985 wyposażona sale katechetyczne w biurka, nowe tablice i szafy.

W latach 1997–2003 wykonano remont kościoła oraz renowację figury Chrystusa Zbawiciela z 1737 r.