Epitafia W posadzce kościoła zachowało się ok. 25 znacznie już zatartych płyt nagrobnych. Najcenniejsze z okresu renesansu są wmurowane w ścianę kościoła. Należy do nich mosiężna płyta Hildebranda Ferbera (brata biskupa Ferbera zmarłego w 1530) oraz Krystyny Flaschbinder (matki biskupa warmińskiego Jana Dantyszka zmarłej w 1539). Do późniejszych należą: epitafium Jerzego Szyszkowskiego fundowane w 1641 przez biskupa Mikołaja Szyszkowskiego i płyta nagrobna Tomasza Bagniewskiego fundowaną 1736 przez biskupa Szembeka.
Skarbiec O skarbcu lidzbarskiej fary pisał Mieczysław Orłowicz w następujący sposób:
W skarbcu kilka artystycznych zabytków, wśród nich pięć kielichów gotyckich trzy renesansowe i dwa barokowe, pozłacany mały pacyfikał gotycki, oraz bardzo piękny pacyfikał barokowy. Jest tu też, jeszcze z epoki gotyckiej pochodzący, relikwiarz w formie popiersia św. Idy, miedziany, złocony ze srebrną koroną na głowie (XV w.).
Do najważniejszych zbiorów skarbca lidzbarskiej fary należą: herma św. Idy z ok. 1420 r. w srebrnej koronie z XX w. gotyckie kielichy (dwa z XV w. i jeden z XVI w.) pacyfikał (krzyż) z XVI w. – posiadający stopę i nodus z początków XVIII w., z umieszczonym na nim krzyżem z XVI w. pacyfikał z XIII w. i stanowiąca komplet XVIII w.