Na przeciwległym, mołdawskim brzegu Dniestru, znajduje się pole bitwy pod Cecorą. Tam też w 1620 roku zginął hetman Stanisław Żółkiewski. W 1652 roku zajęty przez Kozaków. W 1672 roku okupowany przez Imperium Osmańskie. Przypuszczalne w pobliżu znajduje się miejsce pochówku Józefa Pułaskiego, marszałka Konfederacji Barskiej, ojca Kazimierza Pułaskiego. W 1742 roku biskup kamieniecki Wacław Hieronim Sierakowski erygował parafię rzymskokatolicką i zbudowano drewniany kościół, który miał się znajdować w miejscu wcześniejszego z pocz. XVII wieku. Na jego miejscu w latach 1772–1791 zbudowano murowany kościół katolicki pod wezwaniem Nawiedzenia NMP, z fundacji wojewody Potockiego i staraniem ks. Szymona Krzysztofowicza. W 1743 r. Mohylów otrzymał prawo magdeburskie. Pod koniec XVIII wieku było to jedno z największych miast na Podolu. W 1776 r. było w nim 1167 domów, w których zamieszkiwało ponad 11 tys. osób., w tym Polacy, Ukraińcy, Ormianie, Grecy, Serbowie, Bułgarzy, Wołosi i Bośniacy. U schyłku I Rzeczypospolitej stacjonował tu 2 Pułk Przedniej Straży Buławy Wielkiej Koronnej.