Zarząd Biblioteki Polskiej złożono w ręce Rady Bibliotecznej, w której skład wchodziło ośmiu delegatów. Dożywotnim prezesem został ks. Adam Jerzy Czartoryski, a funkcje sekretarza, bibliotekarza i kasjera pełnił Karol Sienkiewicz. W wymiarze formalnym właścicielem instytucji był ks. Czartoryski, co zapewniało prawidłowe jej działanie we francuskim systemie prawnym i dawało względne zabezpieczenie materialne. Ponieważ pod koniec XIX wieku zmniejszyła się liczba członków Towarzystwa Historyczno-Literackiego. W 1893 roku Bibliotekę przekazano pod zarząd Akademii Umiejętności w Krakowie. Administrowała ona Biblioteką do 1946 roku. AU utworzyła przy Bibliotece Stację Naukową. W 1903 roku po przekazaniu przez Władysława Mickiewicza pamiątek po Adamie Mickiewiczu przy bibliotece powstało Muzeum Adama Mickiewicza. Po wybuchu II wojny światowej w budynku Biblioteki otwarto Biuro Pomocy Ofiarom Wojny. Prace w nim podjęli pracownicy biblioteki. Po zajęciu Paryża przez Niemców wyposażenie i budynek biblioteki zostały rozgrabione. Biblioteka wznowiła działalność po wyzwoleniu Paryża w 1944 roku. W celu pomocy w odbudowie Biblioteki powstał Komitet Pomocy Bibliotece Polskiej, na czele którego stanęli członkowie Akademii Francuskiej.