Ponowne uruchomienie biblioteki było możliwe dzięki wsparciu: Barbary Piaseckiej-Johnson, Kongresu Polonii Amerykańskiej, papieża Jana Pawła II i Fundacji Karoliny Lanckorońskiej z Brzezia.
Po 1989 roku Towarzystwo uzyskało wsparcie Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego i Ministerstwa Spraw Zagranicznych w Polsce. Po 2001 roku większość budżetu pochodziło ze środków przekazywanych przez Fundację im. Zygmunta Lubicz-Zaleskiego w Amsterdamie. Chcąc podjąć remont budynku Towarzystwo musiało uregulować sprawy majątkowe. Samo nie miało możliwości uznania prawa własności budynku, ale miała je reaktywowana przez część przedwojennych członków PAU. Podjęto rozmowy, których efektem było utworzenie Stowarzyszenia Biblioteki Polskiej w Paryżu (SBPP) (Association de la Bibliothèque Polonaise de Paris (ABBP)). Obie organizacje zrezygnowały ze swoich praw majątkowych na rzecz Stowarzyszenia, co zostało uznane przez sąd francuski. Zgodnie z umową obaj partnerzy mają takie same prawa, obowiązek utrzymywania Biblioteki i gwarancję, że zbiory pozostaną przy Quai d’Orléans 6. Podczas remontu budynku w latach 2000–2004 Biblioteka była zamknięta, a pracownicy w większości zostali zwolnieni.