Zespół przetrwałych przewodów Müllera wiąże się ze zwiększonym ryzykiem nowotworu jądra w związku z częstym występowaniem wnętrostwa oraz ryzykiem transformacji struktur Müllerowskich. W zespole całkowitej niewrażliwości na androgeny (CAIS) obserwuje się wysokie ryzyko rozwoju nowotworu w jądrze znajdującym się w jamie brzusznej, sięgające nawet 50%. Ryzyko powstania guza w jądrze znajdującym się w mosznie jest nieznane. Niedobór dehydrogenazy 17β-hydroksysteroidowej również zwiększa ryzyko rozwoju nowotworu germinalnego. U chorych z wrodzonym przerostem nadnerczy nie obserwuje się zwiększonego ryzyka rozwoju nowotworu jądra. Istnieją sprzeczne dane dotyczące ryzyka rozwoju nowotworu jądra w zespole Klinefeltera, choć część badaczy wskazuje na zwiększenie ryzyka, to kilka badań przeczy temu.
Mikrozwapnienia w jądrach Mikrozwapnienia w jądrach (microlithiasis) są bardzo często obserwowanymi zmianami w USG jąder, dotyczącymi od 0,5% do 6,7% mężczyzn. Istnieją badania sugerujące wyższe prawdopodobieństwo rozpoznania nowotworu jądra u osób z mikrozwapnieniami w jądrach. Mikrozwapnienia w jądrach nie są same w sobie czynnikiem ryzyka, a raczej są powiązane z nowotworem jąder.