Zabór rosyjski W wyniku II rozbioru Polski w 1793 r. Głębokie znalazło się w zaborze rosyjskim. W czasie insurekcji kościuszkowskiej w 1794 r., w miasteczku wybuchły zamieszki, zdławione przez Rosjan. W 1812 r. przeszła tędy Wielka Armia, idąca na Moskwę. Od 18 lipca, przez kilka dni w klasztorze karmelitańskim mieszkał Napoleon Bonaparte ze swoim sztabem.
Ostatnim właścicielem części południowej z dynastii Radziwiłłów był książę Dominik Radziwiłł, ordynat nieświeski. Po jego śmierci u boku Napoleona pod Hanau w 1813 r. dobra radziwiłłowskie powinny przejść w ręce córki Stefanii, jednak władze rosyjskie przekazały je pruskiej linii rodu. Doszło do procesu, ostatecznie korzystnego dla Stefanii Radziwiłłówny. Po jej śmierci dobra stały się własnością Wittgensteinów. mały|Głębokie na pocz. XX w. W 1881 r. nadal widoczna była „dwoistość” Głębokiego. Pisano, że „składa się jakby z dwóch nierównej wielkości miasteczek, przedzielonych rzeczką, wpadającą do jeziora”. Miało wówczas stację pocztową na trakcie Wilejka – Dzisna, jednostkę policji, zarząd gminy włościańskiej, szkółkę wiejską, młyny, browary, gorzelnię. Poza kościołem św. Trójcy były tu dwie cerkwie prawosławne (murowana parafialna i drewniana filialna) oraz „kilka” żydowskich domów modlitwy. Na początku XX w.