Obie Izby wybiera co 2 lata swoich przewodniczących i 7-osobowe prezydium. Połączone prezydia tworzą Prezydium Kongresu Władz Lokalnych i Regionalnych. Prezydium Kongresu przygotowuje sesje plenarne Kongresu, koordynuje pracę Izb i komitetów oraz ustala budżet.
Kongres posiada też Komitet Stały, który reprezentuje Kongres w okresach pomiędzy sesjami. Poza tym możliwe jest tworzenie komitetów statutowych i grup ad hoc. Komitety stałe to: Komitet Instytucjonalny, stworzony w 2000 r. spotyka się cztery razy w roku (pozostałe komitety odbywają trzy spotkania). Jego zadania to przygotowywanie raportów na temat rozwoju demokracji lokalnej i regionalnej w Europie; Komitet Kultury i Edukacji, który zajmuje się sprawami młodzieży, mediów, komunikacji społecznej i sportu; Komitet Zrównoważonego Rozwoju odpowiada ze problemy środowiska naturalnego oraz planowanie urbanistyczne i przestrzenne; Komitet do spraw Spójności Społecznej, którego zadania dotyczą takich kwestii jak zatrudnienie, obywatelstwo, migracje, równość płci.
Cele i zadania Kongres ma za zadanie zagwarantować rzeczywisty udział władz lokalnych i regionalnych w procesie jednoczenia Europy i pracach Rady Europy.