Druga cerkiew prawosławna (1940-1945) Po raz drugi obiekt pełnił funkcję cerkwi prawosławnej w latach 1940-1945. Korzystali wówczas z niego m.in. Ukraińcy, którzy kolaborowali z okupacyjnymi władzami niemieckimi i byli przez te władze osiedlani w Biłgoraju. W 1945, po zakończeniu II wojny światowej, Biłgoraj stał się miastem jednolitym etnicznie, a świątynia po raz drugi znalazła się w rękach katolików.
Drugi kościół katolicki (od 1945) Od 1945 kościół św. Jerzego ponownie pełnił funkcję kościoła rektoralnego dla parafii Trójcy Świętej i Wniebowzięcia NMP w Biłgoraju. Ze względu na bezpośrednie sąsiedztwo kilku dużych placówek oświatowych szkolnych stał się świątynią gromadzącą w dużej mierze dzieci i młodzież szkolną; taki charakter kościół utrzymuje do dziś.
W 1978 przeprowadzono renowację świątyni, podczas której odkryto fragmenty polichromii z XIX w. 3 czerwca 1984 obiekt stał się kościołem parafialnym dla nowo erygowanej parafii św. Jerzego, powołanej do życia decyzją arcybiskupa lubelskiego ks. prof. Bolesława Pylaka. Pierwszym proboszczem został dotychczasowy rektor, ks. Marian Goral. Jego staraniem w latach 1984-1990 powstała obecna plebania, a w latach 1987-1989 do kościoła dobudowano boczne nawy.