W listopadzie 2007 IPN ujawnił, że 21 marca 1986 został zarejestrowany przez Służbę Bezpieczeństwa jako tajny współpracownik o pseudonimie Jerzy. 19 stycznia 1990 został wyrejestrowany w związku z rezygnacją. Sam zainteresowany zaprzeczył współpracy z SB. Ostatecznie wobec nieodnalezienia dokumentacji personalnej i niestwierdzenia wątpliwości co do zgodności z prawem oświadczenia lustracyjnego posła IPN zaniechał dalszego śledztwa.
W wyborach europejskich w 2004 uzyskał mandat z województwa wielkopolskiego, gdzie kandydował z listy SLD-UP, uzyskując wynik 36 985 głosów. W 2006 był przewodniczącym misji obserwacyjnej wyborów na Ukrainie. W 2007 został wiceprzewodniczącym PE. W wyborach europejskich w 2009 skutecznie ubiegał się o reelekcję, otrzymując 64 976 głosów.. W PE został członkiem Komisji Spraw Zagranicznych, a w 2009 został koordynatorem Grupy Postępowego Sojuszu Socjalistów i Demokratów w sprawie EuroNestu. Od grudnia 2011 do kwietnia 2012 był wiceprzewodniczącym Sojuszu Lewicy Demokratycznej. W grudniu 2012 zrezygnował z członkostwa w SLD, a w styczniu 2013 został reprezentantem Ruchu Palikota w Parlamencie Europejskim (nie wstępując do partii).