W 1991 roku rozpoczęto prace konstrukcyjne a już rok później prace montażowe. Za konstrukcje i budowę przedziału ładunkowego odpowiadały zakłady CASA w Hiszpanii i Elbie w Niemczech. Zmodyfikowano kabinę załogi samolotu, przesunięto ją o 1,5 m do przodu i obniżono względem podłogi przedziału transportowego. Takie rozwiązanie umożliwiło załadunek przewożonych towarów od strony dziobu maszyny, bez konieczności rozłączania instalacji hydraulicznej, elektrycznej i układu sterowania. W przypadku Super Guppy załadunek również odbywał się od przodu, jednak tam na bok odchylany był cały dziób samolotu wraz z kabiną załogi, co wiązało się z rozłączaniem instalacji łączących kokpit z resztą maszyny i późniejszej ich kalibracji po ponownym połączeniu. Kabina pilotów umieszczona poniżej poziomu podłogi przestrzeni ładunkowej zwiększała również bezpieczeństwo załogi. W przypadku gwałtownego hamowania i puszczenia zabezpieczeń utrzymujących przewożony ładunek, przesunąłby się on do przodu nie miażdżąc znajdującej się na jego drodze załogi. Aby olbrzymi kadłub nie zmniejszył efektywności pracy usterzenia pionowego, podwyższono ster kierunku o 1,2 m i wzmocniono jego konstrukcję oraz dodano po dwa boczne, mniejsze stery kierunku zamontowane na końcach stateczników poziomych.