Jak się okazało, drzwi tylnego luku bagażowego uległy oderwaniu w czasie lotu, co spowodowało nagły spadek ciśnienia w luku bagażowym; różnica ciśnień spowodowała zapadnięcie się podłogi w kabinie – ponieważ w podłodze przebiegały przewody hydrauliczne, część z nich została przerwana, co utrudniło kierowanie maszyną.

Jak się okazało, mechanizm zamykający drzwi bagażowe – w teorii bezpieczny – w rzeczywistości miał wady. Pręt, mający uniemożliwić obrót uchwytów w drzwiach i umożliwić skontrolowanie, czy uchwyty te są w pełni zamknięte, był wykonany z metalu, który dość szybko ulegał zużyciu zmęczeniowemu i, jak się okazało, było możliwe przesunięcie pręta nawet jeśli uchwyty w drzwiach nie były w pozycji całkowicie zamkniętej, gdyż pręt ulegał skrzywieniu. Dokładnie tak stało się w czasie lotu American Airlines 96: pracownik naziemny zeznał, że pręt poruszał się opornie i trzeba było sporej siły, by przesunąć poruszającą nim dźwignię do pozycji „zamknięte”.