W czerwcu 2009 Kharja za 3,5 miliona euro odszedł do Genoi. 14 października podczas sparingu z młodzieżową drużyną Genoi Marokańczyk zerwał więzadła w lewej nodze i według wstępnych diagnoz czeka go ponad półroczna przerwa w grze.
29 stycznia 2011 roku został wypożyczony na pół roku do Interu z opcją pierwokupu.
18 sierpnia 2011 roku podpisał dwuletni kontrakt z Fiorentiną. Następnie grał w Al-Arabi i FC Sochaux-Montbéliard, a w 2015 przeszedł do Steauy Bukareszt.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2000/01 Sporting CP Portugalia Primeira Liga 0 0 2001/02 Ternana Calcio Włochy Serie B 23 2 2002/03 28 2 2003/04 35 3 2004/05 33 2 2005/06 AS Roma Serie A 12 1 2006/07 Ternana Calcio Serie C1 0 0 Piacenza Calcio Serie B 2007/08 17 2 AC Siena Serie A 15 3 2008/09 36 5 2009/10 Genoa CFC 7 3 2010/11 13 0 Inter Mediolan 15 1 2011/12 ACF Fiorentina 19 0 2012/13 Al-Arabi Katar Q-League 19 2 2013/14 0 0 2014/15 FC Sochaux Francja Ligue 2 22 1 2015/16 Steaua Bukareszt Rumunia Liga I 8 0