24 czerwca 1698 miasto prawie całkowicie spłonęło. Poza kościołem, szkołą, plebanią i kilkoma stodołami spłonęło wszystko, a więc 130 zamieszkanych budynków. Spalił się również ratusz, a w nim prawdopodobnie wszystkie akta miejskie. Tym można wytłumaczyć brak archiwaliów z XVII wieku. Po pożarze stwierdzono, że jego przyczynami były słomiane dachy, wąskie uliczki i brak sprzętu przeciwpożarowego. W związku z tym postanowiono poszerzyć i wyprostować ulice, pogłębić kanały między jeziorami, wykopać dwie studnie oraz rów miejski między Jeziorem Miejskim a jeziorem Czos. Ustalono, że domy będą jednolitej wysokości, budowane na kamiennym fundamencie i pokryte dachówką. Dla pełnego zabezpieczenia przeciwpożarowego zorganizowano straż pożarną.

Nowy plan zabudowy miasta pokrywał się w zasadzie z planem Mrągowa sprzed pożaru. Można było przystąpić do odbudowy, lecz mieszczanie nie mieli na to odpowiednich środków finansowych, rząd księstwa zezwolił więc mrągowianom na niepłacenie podatku przez kilka lat. Ta forma pomocy okazała się jednak niewystarczająca. Ze względu na brak środków pieniężnych miasto musiało zrezygnować z budowy nowego ratusza.