Prawdopodobnie za pomocą łapownictwa odzyskał Lateran (w 1094) i Zamek Świętego Anioła (w 1098).
W latach 90. XI wieku, papież pozostawał w konflikcie z królem Francji Filipem I – m.in. ogłosił jego ekskomunikę), w związku ze sprawami matrymonialnymi króla. W Hiszpanii przywrócił arcybiskupstwo w Toledo i nadał nowemu arcybiskupowi paliusz i prymat na cały kraj.
Na synodzie w Piacenzy w 1095 roku odnowił ekskomunikę Klemensa. 27 listopada 1095 na synodzie w Clermont ogłosił hasło wojny świętej, czym zapoczątkował wyprawy krzyżowe. Podczas tego synodu został także wydany dekret Treuga Dei. W związku z udziałem w krucjatach, wszyscy uczestnicy wyprawy mieli dostąpić odpustu zupełnego. Krzyżowcy zdobyli Jerozolimę 15 lipca 1099; papież zmarł dwa tygodnie potem, wiadomość o powodzeniu krucjaty nie zdążyła do niego dotrzeć.
Za jego pontyfikatu założony został zakon cystersów.