Dzięki protekcji Goschena Milner został w 1889 r. mianowany podsekretarzem stanu w egipskim Ministerstwie Finansów. W Egipcie przebywał przez 3 lata, podczas których przeprowadzono pierwszą wielką reformę finansową po tym, jak kraj stanął na krawędzi bankructwa. Milner powrócił do Anglii w 1892 r. i wydał książkę England and Egypt. Jeszcze w tym samym roku został przewodniczącym Inland Revenue. W 1894 r. został odznaczony Krzyżem Towarzyskim Orderu Łaźni, a w 1895 r. Krzyżem Komandorskim tegoż Orderu.
W Południowej Afryce Na stanowisku przewodniczącego Inland Revenue Milner pozostawał do 1897 r. Nawiązał tam wiele znajomości, m.in. z Goschenem, lordem Cromerem (konsulem generalnym w Egipcie), Michaelem Hicksem-Beachem i sir Williamem Vernonem Harcourtem. Uczyniło go to jedną z najbardziej wpływowych postaci wśród liberałów.
Tymczasem w kwietniu 1897 r. Hercules Robinson zrezygnował ze stanowiska gubernatora Kolonii Przylądkowej i Wysokiego Komisarza Południowej Afryki. Zrezygnował w związku z kryzysem politycznym między brytyjską Kolonią Przylądkową a burską Republiką Transwalu po „rajdzie Jamesona” w 1896 r. Brytyjski minister kolonii Joseph Chamberlain zaproponował Milnera na stanowisko nowego gubernatora i Wysokiego Komisarza.