W szkołach II stopnia, podobnie jak w szkole I stopnia, zajęcia instrumentalne lub wokalne odbywają się indywidualnie w wymiarze dwóch godzin lekcyjnych w tygodniu. W ciągu sześciu lat realizowany jest szereg przedmiotów teoretycznych w różnych wymiarach godzinowych: literatura muzyczna, zasady muzyki z elementami edycji nut, kształcenie słuchu, historia muzyki, analiza dzieła muzycznego, nauka akompaniamentu, harmonia praktyczna. Ponadto funkcjonują zespoły kameralne, zespoły wokalne, orkiestry i chóry.
Przyjmowani są kandydaci w wieku 10–23 lat na podstawie konkursowego egzaminu wstępnego zdawanego w maju lub czerwcu. Egzamin obejmuje zarówno część praktyczną (przygotowany program), jak i teoretyczną (kształcenie słuchu z elementami zasad muzyki).
Istnieją również ogólnokształcące szkoły muzyczne II stopnia, w których prowadzone jest ponadto kształcenie ogólne w zakresie gimnazjum i liceum ogólnokształcącego, umożliwiające uzyskanie świadectwa dojrzałości po zdaniu egzaminu maturalnego.
Zespoły szkół Szkoły muzyczne mogą być łączone w zespoły obejmujące różne typy szkół, z reguły użytkujące wspólne mienie (budynki, wyposażenie itp.).
Policealna szkoła muzyczna Nauka w policealnej szkole muzycznej trwa 3 lata i kończy się egzaminem dyplomowym.