We wrześniu dołączyła 3 eskadra wywiadowcza.
Bazująca od 5 września na lotnisku Dojlidy 1 eskadra prowadziła rozpoznanie sił i ugrupowania nieprzyjaciela działając na korzyść oddziałów 2 Armii. Rejon bliskiego rozpoznania Armii podzielony został na dwie strefy: północną – dla 12 eskadry i południową – dla 1 eskadry. W drugiej połowie września przygotowania do bitwy niemeńskiej weszły w stadium końcowe. 1 eskadra rozpoznawała w tych dniach przeprawy nieprzyjaciela między innymi pod Migrowem. 21 września rozpoczęła się bitwa nad Niemnem. Tego dnia lotnictwo działało niezwykle ofiarnie, a 1 eskadra szczególnie wyróżniła się wspierając natarcie piechoty polskiej na Odelsk. W związku z postępami wojsk lądowych, eskadra przeniosła się na lotnisko w Grodnie. Wykonywała tu między innymi loty łącznikowe.
Rozejm zastał eskadrę w Lidzie.
W czasie walk o niepodległość Polski 1 eskadra wykonała 203 loty bojowe spędzając 474 godzin nad terenami nieprzyjaciela.