Po wojnie trzydziestoletniej i rozbiorze Pomorza Zachodniego, Kościół Pomorza był zmuszony działać pod administracją władz dwóch państw Brandenburgii i Szwecji. Od XVIII wieku był poddawany reformom integrującym go z innymi kościołami krajowymi Królestwa Prus, które zakończyły się w 1817 utworzeniem przez króla Fryderyka Wilhelma III Hohenzollerna Pruskiego Kościoła Unijnego. Od XIX wieku Kościół Pomorza stanowił prowincję kościelną tej unii, którą pozostawał do połowy XX wieku. W tym czasie siedzibą konsystorza był Szczecin.

Po II wojnie światowej i zmianie granic państwowych, zasięg terytorialny Kościoła został ograniczony do terytorium Pomorza Przedniego. W 1947 siedzibą władz Pomorskiego Kościoła Ewangelickiego zostało miasto Greifswald. W 1950 przywrócono w kościele urząd biskupa.

Kościół swoim zasięgiem administracyjnym obejmował Pomorze Przednie, gdzie jest głównym kościołem protestanckim. Od początku lat 90. XX wieku PEK dążył do zjednoczenia z (ELLM), chcąc wraz z nim stworzyć jeden protestancki kościół krajowy landu Meklemburgia-Pomorze Przednie. Wspólna deklaracja o unii została podjęta w 2006 na synodzie w Züssow. 17 i 18 listopada 2007 synody obydwu wspólnot podjęły uchwały o rozpoczęciu procedury zjednoczenia.