Główne obszary działalności Fundacji Ecobaltic to: edukacja ekologiczna rozwój zrównoważony ochrona środowiska morskiego i obszarów nadmorskich współpraca transgraniczna w regionie Zalewu Wiślanego promocja recyklingu energetyka odnawialna.
Fundacja wydawała miesięcznik ekologiczny Eko Bałtyk (ISSN 1230-879X), który docierał do województw północnej Polski (Gdańsk, Szczecin, Koszalin, Słupsk, Elbląg, Olsztyn). Fundacja wydała wiele książek i broszur edukacyjnych tematycznie związanych z ochroną środowiska i edukacją ekologiczną m.in.: "Leksykon Ochrony Środowiska", "Podręcznik ICLEI", seria: Żuławy Delty Wisły na przełomie tysiącleci, "Jak i dlaczego tworzyć zielone szkoły"?, "Małe Morze", "Letnie wędrówki wybrzeżem Bałtyku".
Podstawową formą działalności Fundacji Ecobaltic jest opracowywanie i wdrażanie projektów realizowanych przez własne wyspecjalizowane jednostki. Fundacja Ecobaltic uzyskuje środki finansowe z wielu źródeł.