W latach 1933–1935 pracował w Komitecie Finansowym Ligi Narodów.

W czasie II wojny światowej zgodził się z upoważnienia premiera Rządu Rzeczypospolitej na uchodźstwie Władysława Sikorskiego na objęcie stanowiska prezydenta Banku Emisyjnego w Polsce, powołanego przez generalnego gubernatora Generalnego Gubernatorstwa Hansa Franka. Stąd też od nazwiska Młynarskiego, okupacyjne banknoty złotowe były popularnie nazywane „młynarkami”.

W 1945 został wybrany czynnym członkiem Polskiej Akademii Umiejętności. W latach 1945–1948 był wykładowcą ekonomii na UJ w Krakowie. Pracował jako dyrektor biblioteki krakowskiej Wyższej Szkoły Ekonomicznej.

Zamieszkiwał przy Placu Matejki 3 w Krakowie. Został pochowany na Cmentarzu Salwatorskim w Krakowie (sektor SC4-4-31a).

mały|Grób Feliksa Młynarskiego na Cmentarzu Salwatorskim w Krakowie

Poglądy polityczne Chociaż był sympatykiem Frontu Morges, proponował nacjokratyzm jako ustrój państwa narodowego. Nacjokratyzm rozumiał on jako nową odmianę solidaryzmu, wychodzącą z zasady chrześcijańskiej miłości bliźniego.

W sprawach gospodarczych uważał (1936), że w kapitalizmie było coraz więcej etatyzmu, a coraz mniej liberalizmu. Postulował oddzielenie liberalizmu od kapitalizmu.