Dekret wydał biskup krakowski Jan Rzeszowski. 1593 – Janusz Ostrogski, kasztelan krakowski, rozgromiwszy zbuntowane oddziały kozackie, zawiesił na Skałce zdobyte na nieprzyjacielu chorągwie. 1655 – kościół został oblężony przez Szwedów. 1727 – prace wykonywane są przy dekoracji elewacji zachodniej oraz wykonaniu więźby dachowej nad kaplicami bocznymi. 1733–1751 – przebudowa kościoła w stylu barokowym. 21 czerwca 1787 – król Stanisław August Poniatowski wracając z podróży do Kaniowa odbył procesję z Wawelu na Skałkę. 1792 – kości Jana Długosza umieszczone zostały w krypcie kościelnej. 1797 – wykonany został relikwiarz św. Pawła Pierwszego Pustelnika. 1836 – władze urządziły więzienie polityczne w klasztorze. 1837 – skradziono jeden ze srebrnych relikwiarzy św. Stanisława. 1856 – książę Stanisław Jabłonowski funduje relikwiarz osłaniający ślady krwi św. Stanisława. 1848–1858 – Austriacy zamienili część klasztornych budynków na koszary dla wojska. 1880 – architekt Teofil Żebrawski urządził w krypcie kościoła Groby Zasłużonych. Uroczyście przeniesiono zwłoki Jana Długosza do grobowca. 1889 restauracja kościoła podjęta z inicjatywy przeora paulinów Ambrożego Federowicza, który wcześniej opublikował odezwę do Polaków „W sprawie restauracji kościoła na Skałce” (12 kwietnia).