Występując w Sejmie, w jednym z przemówień rozwinął skrót PZPR jako Płatni Zdrajcy, Pachołki Rosji.
W 1994 wraz z frakcją parlamentarną KPN organizował pomoc dla Czeczenii, był współzałożycielem Czeczeńskiego Ośrodka Informacyjnego. Po licznych rozłamach w partii i nieudanym akcesie do AWS wycofał się z aktywnej polityki. Bez powodzenia kandydował w 2001 do Senatu (z własnego komitetu) oraz w 2004 do PE (z listy Narodowego Komitetu Wyborczego Wyborców).
W 1992 został umieszczony na tzw. liście Macierewicza. Po uchwaleniu ustawy lustracyjnej w 1999 jako pierwszy w Polsce złożył wniosek do sądu o tzw. autolustrację. W 2001 sąd I instancji uznał, że jego oświadczenie lustracyjne zaprzeczające współpracy z SB jest prawdziwe, jednak sąd II instancji uchylił ten wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. W 2005 sąd lustracyjny I instancji stwierdził, że Leszek Moczulski w latach 1969–1977 jednak był tajnym współpracownikiem SB jako TW Lech. Wyrok ten uprawomocnił 12 września 2006 sąd II instancji, odrzucając tezę lidera KPN o fałszowaniu dokumentów. Kasacja Leszka Moczulskiego została ostatecznie oddalona przez Sąd Najwyższy 17 kwietnia 2008. W ustnych motywach tego orzeczenia stwierdzono, że „przekazywane informacje nie muszą być dla SB szczególnie istotne”.