W 1924 roku ojciec Jan Magura ożenił się z Emilią Marią z Bąkowskich Magura urodzoną 5 stycznia 1902 roku w Potoku, absolwentką Prywatnego Seminarium Nauczycielskiego im. Zofii Strzałkowskiej we Lwowie (rok ukończenia 1921). Małżeństwo Jana i Emilii Magurów miało jeszcze córkę Marię Czesławę urodzoną 15 listopada 1930 roku w Krośnie. Emilia Magura była niezmiernie kochającą matką dla Jasia i Stasia. Wczesne dzieciństwo spędził Jan z bratem w Potoku. Szkołę powszechną ukończył w Krośnie. Był uczniem Państwowego Gimnazjum i Liceum Ogólnokształcącego im. Mikołaja Kopernika w Krośnie. W czerwcu 1939 roku ukończył I klasę licealną. Interesował się architekturą i budową samolotów zamierzając w tym kierunku podjąć w przyszłości studia wyższe.
Działalność w harcerstwie Od najmłodszych lat pasjonował się wraz z bratem pracą w ZHP. Był drużynowym IV Drużyny Harcerzy im. Jana Sobieskiego w Krośnie. Był doskonałym organizatorem, i wychowawcą powierzonej mu młodzieży. W lipcu 1935 roku wraz z bratem uczestniczył w Zlocie Harcerzy w Spale. W 1937 roku pełnił funkcję zastępowego na obozie w Jaremczu. Ukończył kurs podharcmistrzowski w Foluszu w roku 1938. Jan Magura uzyskał Kategorię B pilota szybowcowego 28 sierpnia 1939 roku w Szkole Szybowcowej LOPP w Tęgoborzu.