W 1940 roku Jan podjął pracę fizyczną w szybie naftowym w Turaszówce. W tym czasie ojciec posądzony o sabotaż został wyrzucony z pracy, a cała rodzina wraz z wysiedleńcami pozbawiona mieszkania. Jan wraz z bratem znajduje lokum u adwokata Neronowicza w Krośnie. Ojciec jakiś czas ukrywał się u brata żony Mieczysława Bąkowskiego w Krośnie, zaś żona z 10-letnią córeczką Marią zamieszkała we wsi Sądkowa. W tym czasie Jan podjął pracę w biurze Karpathen Ol w Krośnie – Stanisław w Karpathen Ol w Gorlicach. Jan razem ze swym bratem Stanisławem brali czynny udział w organizowaniu pomocy w przekraczaniu granicy uchodźcom udającym się do wojska we Francji. Służbę w konspiracji rozpoczął Jan pod ps. „Koliber” (później „Pirat”) już jesienią w 1939 roku w Tajnej Organizacji Wojskowej, kierowanej na Podkarpaciu przez Zenona Sobotę ps. „Poraj” (później „Korczak” i „Świda”). Z czasem związał się jeszcze z Szarymi Szeregami. Miał liczne kontakty z podkarpacką siatką TOW – AK, m.in. z Franciszkiem Płonką ps. „Jeleń” (później „Boruta”), inż. Ludwikiem Madejewskim seniorem ps. „Łukasz” i jego żoną Florentyną ps. „Łukaszowa”, Leszkiem Plesnarem ps. „Motyl” (później „Fromer”), Józefem Okwieką ps. „Trójka”, Zbigniewem Cerkowniakiem ps. „Boruta”, Stanisławem Kostką ps.