13 stycznia 1944 roku zarejestrowano ich w krakowskim więzieniu przy ul. Montelupich. Matka Emilia Magura dnia 22 stycznia 1944 roku otrzymała od obu synów karty zapotrzebowania na paczki. Natomiast paczka z lekarstwami wysłana dla Jana wróciła z adnotacją: „17” i datą 4 lutego 1944 rok. Można z dużym prawdopodobieństwem sądzić, że zginął on w lesie koło Grębałowa, podczas zbiorowej egzekucji 100 więźniów, zamordowanych w odwet za zamach na pociąg specjalny Hansa Franka. Od brata Stanisława drugie zapotrzebowanie jeszcze nadeszło 22 lutego 1944 roku, potem po nim wszelki ślad zaginął. Miejsca pochówku bliźniaczych braci Jana i Stanisława Magurów są dotąd nieznane.
Upamiętnienie Po wojnie władze PRL odmówiły Emilii i Janowi Magurom zgody na umieszczenie imion ich synów na cokole Pomnika Bohaterów Ziemi Krośnieńskiej, podobnie też decydenci Przemysłu Naftowego nie zgodzili się na wmurowanie tabliczki na ich rodzinnym domu w Krośnie.