W 1940 r. podjął pracę w Karphaten Ol w Krośnie jako kreślarz, a następnie został przeniesiony na analogiczne stanowisko w Kaphaten Ol w Gorlicach. W tym czasie ojciec posądzony o sabotaż został wyrzucony z pracy, a cała rodzina wraz z wysiedleńcami pozbawiona mieszkania. Stanisław wraz z bratem znajduje lokum u adwokata Neronowicza w Krośnie. Ojciec jakiś czas ukrywa się u brata żony Mieczysława Bąkowskiego ps. „Władysław” w Krośnie, zaś żona z 10-letnią córeczką Marią zamieszkała we wsi Sądkowa. Inż. Jan Bronisław Magura podejmuje pracę w Zakładach Naprawczych Samochodowych Czesława Matelowskiego w Krośnie. Stanisław razem ze swym bratem Janem brali czynny udział w organizowaniu pomocy w przekraczaniu granicy uciekinierom udającym się do wojska we Francji. Służbę w konspiracji rozpoczął Stanisław pod ps. „Paw” (później „Drzazga”) już jesienią w 1939 w Tajnej Organizacji Wojskowej, kierowanej na Podkarpaciu przez Zenona Sobotę ps. „Poraj” (później „Korczak” i „Świda”). Z czasem związał się jeszcze z Szarymi Szeregami. Miał liczne kontakty z podkarpacką siatką TOW – AK, m.in. z Franciszkiem Płonką ps. „Jeleń” (później „Boruta”), z inż. Ludwikiem Madejewskim seniorem ps. „Łukasz” i jego żoną Florentyną ps. „Łukaszowa”, Leszkiem Plesnarem ps. „Motyl” (później „Fromer”), Józefem Okwieką ps. „Trójka”, Zbigniewem Cerkowniakiem ps.